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靶向降解蛋白質,4篇JACS!
奇物論 2022-03-24

從2001年第一次報道,后繼 2015 年第一個小分子 CRBN 招募和 VHL 招募 PROTAC 的開發之后,發現的步伐呈指數級加速。已經開發了許多具有強大體內功效的一流異源雙功能降解劑。值得注意的是,兩種 PROTAC 已作為癌癥療法進入臨床開發。目前,該領域的新興發展吸引了全球科學家在該領域不斷地進行突破。


1. JACS: 劫持甲基閱讀器蛋白質以進行核特異性蛋白質降解

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PROTACs 的靶向蛋白質降解(TPD) 是控制細胞內致病蛋白質水平的一種有前途的策略。雖然靶向蛋白質降解正在成為一種創新的藥物發現范例,但目前只有有限數量的E3連接酶:用于誘導蛋白質降解的配體對。
 
鑒于此,耶魯大學Craig M. Crews等人報告了一種通過劫持甲基化閱讀器:E3 連接酶復合物來誘導蛋白質降解的新方法。
 
L3MBTL3 是一種甲基賴氨酸閱讀器蛋白,可與 Cul4DCAF5 E3 連接酶復合物結合,并靶向甲基化蛋白以進行蛋白酶體降解。通過采用這種自然機制,研究人員報告了招募L3MBTL3的 PROTAC的設計和生物學評估,并證明了 FKBP12 和 BRD的核特異性降解。
 
研究人員將此設想為一種可推廣的方法,可在 PROTAC 設計中利用其他閱讀器蛋白相關的 E連接酶復合物來擴展 E連接酶工具箱,并探索靶向蛋白質降解的全部潛力。
 
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Hijacking Methyl Reader Proteins forNuclear-Specific Protein Degradation. J. Am. Chem. Soc. 2022.
https://doi.org/10.1021/jacs.2c00874

2. JACS:共價工程化納米抗體嵌合體用于實現靶向膜蛋白降解

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對膜蛋白進行靶向降解一種能夠治療多種疾病的有效策略,然而也是目前蛋白水解靶向嵌合(PROTAC)方法所難以實現的一大挑戰。有鑒于此,北京大學陳鵬教授和林堅研究員設計了一種基于共價納米抗體的PROTAC策略(GlueTAC),其具有高特異性和實現高效率靶向膜蛋白降解的性能。
 
本文要點:
(1)實驗首先構建了一種基于質譜的篩選平臺,以用于快速開發該共價納米體(GlueBody)。研究表明,GlueBody能夠與癌細胞表面抗原發生交聯。
(2)實驗通過將GlueBody與細胞穿透肽和溶酶體分選序列結合而構建了GlueTAC,其產生的嵌合體能夠觸發程序性死亡配體1(PD-L1)的靶向降解。綜上所述,這一研究可為實現細胞表面蛋白的靶向降解提供新的策略。
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Heng Zhang. et al. Covalently Engineered Nanobody Chimeras for Targeted Membrane Protein Degradation. Journal of the American Chemical Society. 2021
DOI: 10.1021/jacs.1c08521
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c08521

3. JACS:葉酸籠狀蛋白實現癌癥選擇性靶向降解

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PROTACs(靶向嵌合體的蛋白質水解)是一類通過劫持細胞泛素-蛋白酶體系統來降解細胞內的蛋白質靶點的新興治療方法。然而,PROTACs在正常細胞中的靶向降解效應限制了其臨床應用。以組織選擇性的方式精確控制PROTAC的靶向降解活性可以將潛在的毒性/副作用降至最低。有鑒于此,美國哈佛醫學院的Wenyi Wei等研究人員,報道了葉酸籠狀蛋白實現癌癥選擇性靶向降解。
 
本文要點
1研究人員通過將葉酸基團與VHL E3泛素連接酶的配體結合,開發了一種針對PROTACs的癌細胞選擇性遞送策略,以實現癌細胞與非癌正常細胞中的靶向蛋白質(POIs)降解。
2研究人員發現葉酸PROTAC,包括BRD-PROTAC(folate-ARV-771)、MEK-PROTAC(folate-MS432)和ALK-PROTAC(folate-MS99),能夠分別以葉酸受體依賴的方式在癌細胞中降解BRD、MEK和ALK。
本文研究設計為PROTACs選擇性降解癌細胞中的POIs提供了一個可推廣的平臺。

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Jing Liu, et al. Cancer Selective Target Degradation by Folate-Caged PROTACs. JACS, 2021.
DOI:10.1021/jacs.1c00451
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c00451

4. JACS:TF-PROTACs實現靶向降解轉錄因子

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轉錄因子(TFs)是治療包括癌癥在內的人類疾病的主要治療靶點。雖然許多轉錄因子的生物學功能甚至晶體結構已經被明確闡明,但仍然沒有可行的方法來靶向大多數轉錄因子,使它們幾十年來不可藥化。PROTACs(靶向嵌合體的蛋白水解)是一種強大的治療方式,它依賴于感興趣蛋白(POIs)和E3泛素連接酶之間誘導的蛋白-蛋白相互作用,幫助泛素-蛋白酶體系統(UPS)降解POIs。有鑒于此,哈佛醫學院的Wenyi Wei及紐約西奈山伊坎醫學院的Jian Jin等研究人員,報發現TF-PROTACs能夠靶向降解轉錄因子。
 
本文要點
1研究組報道了一個名為TF-PROTAC的平臺的開發,該平臺通過點擊反應將DNA寡核苷酸連接到E3連接酶配體,以選擇性地降解感興趣的TF。這些TF-PROTACs的選擇性取決于所利用的DNA寡核苷酸,這些寡核苷酸可以特異性地用于感興趣的TF。
2研究人員開發了兩種基于VHL的TF-PROTACs, NF-κB-PROTAC (dNF-κB)和E2F-PROTAC (dE2F),分別在細胞內有效降解內源性的p65和E2F1蛋白,并在細胞中顯示出良好的抗增殖作用。
本文研究結果表明,TF-PROTACs為選擇性降解TF提供了一個可推廣的平臺,并為靶向大多數“不可藥化”的TFs提供了一種通用策略。
 
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Jing Liu, et al. TF-PROTACs Enable Targeted Degradation of Transcription Factors. JACS, 2021.
DOI:10.1021/jacs.1c03852
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c03852


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