i-motif是一類具有潛在生物學意義的非標準DNA結構。鑒于此,西班牙巴塞羅那大學Fernando Benavente、Raimundo Gargallo等為了快速分析i-motif折疊平衡與pH值和溫度的關系,開發了一種新型毛細管電泳紫外吸收分光光度檢測法(CE-UV)。
本文要點:
(1)電泳分析是在分離電壓的反極性下進行的,32 cm長的熔融石英毛細管上永久涂有羥丙基纖維素(HPC),經過適當的調節程序后可獲得良好的重復性。然而,所研究的富含胞嘧啶的i-motif序列(即TT、Py39WT和nmy01)的折疊構象和未折疊構象之間的電泳分離受到影響,尤其是Py39WT和nmy01,它們的峰值完全重疊。因此,需要使用多元曲線解析-交替最小二乘法(MCR-ALS)進行解卷積,以便利用電泳遷移率和紫外光譜水平的微小差異,有效分離在pH 6.5和12至40 °C、不同濃度水平下發現的折疊和未折疊物種。
(2)MCR-ALS還提供了定量信息,用于估算熔化溫度(Tm),該溫度與紫外光譜和圓二色譜(CD)光譜測定的溫度相似。研究結果表明,MCR-ALS所輔助的CE-UV可能會成為一種非常有用的工具,有助于深入了解i-motifs和其他復雜DNA結構的折疊情況。
Rapid and Highly Efficient Separation of i-Motif DNA Species by CE-UV and Multivariate Curve Resolution
Laila Bchara, Ramon Eritja, Raimundo Gargallo, and Fernando Benavente
Analytical Chemistry Article ASAP
DOI: 10.1021/acs.analchem.3c01730
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.3c01730