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Nature Catalysis:異位顯性是由于酶進(jìn)化改變決速步驟導(dǎo)致
納米技術(shù) 納米 2024-02-23

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異位顯性(Epistasis)是指突變的非加性效應(yīng)(non-additive effect),異位顯性能夠以組合方式改善酶的催化活性,這種作用的效果大大超過單個(gè)突變產(chǎn)生的效果。但是,人們對于異位顯性作用的機(jī)理仍并不清楚,這阻礙了預(yù)測病原體進(jìn)化和設(shè)計(jì)生物催化劑的能力。

有鑒于此,英屬哥倫比亞大學(xué)Nobuhiko Tokuriki挪威特羅姆瑟大學(xué)Christopher Fr?hlich報(bào)道揭示β-內(nèi)酰胺酶的定向進(jìn)化能夠產(chǎn)生優(yōu)異的異位顯性活性增強(qiáng)效果

本文要點(diǎn)

(1)

進(jìn)化過程選擇四種突變,它們的邊際個(gè)體效應(yīng)(marginal individual effect)很小(≤2倍),但是能夠?qū)е驴股啬退幮栽黾恿?0倍。協(xié)同改進(jìn)效果與超隨機(jī)爆發(fā)動力學(xué)相符,從而說明異位顯性效果由于酶的構(gòu)象動力學(xué)導(dǎo)致。

(2)

分析發(fā)現(xiàn)異位顯性突變來自每種突變對催化循環(huán)的不同影響。最初的突變提高蛋白質(zhì)的柔性,并且有助于加快與底物結(jié)合,這個(gè)步驟是野生酶限速步驟。隨后的突變能夠?qū)?/span>底物相互作用進(jìn)行微調(diào)的方式增強(qiáng)化學(xué)步驟動力學(xué)這項(xiàng)研究工作說明了以往研究異位顯性機(jī)理過程中被忽略原因通過改變反應(yīng)決速步驟能夠產(chǎn)生協(xié)同作用提高酶的催化活性。

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參考文獻(xiàn)

Fr?hlich, C., Bunzel, H.A., Buda, K. et al. Epistasis arises from shifting the rate-limiting step during enzyme evolution of a β-lactamase. Nat Catal (2024)

DOI: 10.1038/s41929-024-01117-4

https://www.nature.com/articles/s41929-024-01117-4


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