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華中科技大學Nature Biotechnology:冷凍電鏡表征RNA的原子結構
納米技術 納米 2024-02-25

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目前人們開發了許多低溫電子顯微鏡的譜圖解析蛋白質結構的方法,但是這些方法在解析RNA結構中仍然具有挑戰。

有鑒于此,華中科技大學黃勝友肖奕開發了EMRNA技術這種技術能夠從低溫電子顯微鏡的譜圖中準確并且自動的對RNA結構全部的原子進行解析

本文要點

(1)

EMRNA集成了基于深度學習的核苷酸檢測、考慮序列和二級結構信息的三維骨架追蹤和評分,以及RNA結構的全原子構建。

作者在140個核苷酸數為在37423區間內的RNA圖譜進行結構解析,EMRNA的分辨率達到2.0–6.0 ?,并且將EMRNA與auto-DRAFTER、phenix.map_to_mode和CryoREAD技術的分辨率進行比較。EMRNA的中值精度為2.36??TM-score得分為0.86。比較結果說明auto-DRRAFTER技術的分辨率為6.66??TM-score得分為0.58。

(2)

在構建的模型中,EMRNA表現了93.30%的高殘基覆蓋率和95.30%的序列匹配。phenix.map_to_mode的殘基覆蓋率僅為58.20%,序列匹配僅為42.20%,CryoREAD的高殘基覆蓋率僅為56.45%,序列匹配僅為52.3%。

EMRNA技術具有速度快的優勢,能夠在3分鐘內構建100個核苷酸數的RNA結構。

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參考文獻

Li, T., He, J., Cao, H. et al. All-atom RNA structure determination from cryo-EM maps. Nat Biotechnol (2024)

DOI: 10.1038/s41587-024-02149-8

https://www.nature.com/articles/s41587-024-02149-8


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