通過質(zhì)譜（MS）的單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)允許以高特異性和靈敏度定量蛋白質(zhì)。鑒于此，來自美國東北大學(xué)的Nikolai Slavov、Andrew Leduc等人為了提高其通量，開發(fā)了納米蛋白質(zhì)組學(xué)樣品制備（nPOP），這是一種在載玻片上沉積的納升體積液滴中并行制備數(shù)千個單細胞的方法。
文章要點：
1) 該研究開發(fā)的這種方法中，重點是它為不同的多路復(fù)用MS方法制備樣品的靈活性，且使用plexDIA MS多路復(fù)用方法的實現(xiàn)，該方法使用非等壓質(zhì)量標(biāo)簽對不同樣本中的肽進行條形碼標(biāo)記，以進行數(shù)據(jù)獨立采集，證實了每個人類細胞約3000-3700種蛋白質(zhì)的準(zhǔn)確定量，使用等壓質(zhì)量標(biāo)簽和優(yōu)先數(shù)據(jù)采集的單獨實施表明，在每個人類細胞800-1200個蛋白質(zhì)的深度，以每天>1000個單細胞的速度分析了1827個單細胞；
2) 此外，該研究主要是通過使用細胞分配和液體處理機器人CellenONE儀器來實現(xiàn)，并使用現(xiàn)成的耗材，這將有助于廣泛采用，nPOP可以應(yīng)用于所有可以處理成單細胞懸浮液的樣品，制備超過3000個單細胞需要1或2天的時間，該研究還為質(zhì)量控制和數(shù)據(jù)探索提供度量和軟件（QuantQC R包），QuantQC支持nPOP到更高復(fù)合物試劑的穩(wěn)健擴展，以實現(xiàn)可靠和可擴展的單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)。
參考資料：
Leduc, A., Khoury, L., Cantlon, J. et al. Massively parallel sample preparation for multiplexed single-cell proteomics using nPOP. Nat Protoc (2024).
10.1038/s41596-024-01033-8
https://doi.org/10.1038/s41596-024-01033-8
